これも、 山形会荒井さんのサイト「 遊び Thank you 」の 掲示板 で 明らかになったことです。
表示の登記の場合、例えば表題登記のように、申請することで新たな登記簿が作成される登記があります。前に書きましたように、オンライン申請では、既存の物件を申請すると物件にロックがかかりますが、新設される物件を申請すると、ロックを掛ける物件が無いので法務局側でエラーが出ることがあるそうです。
以下は、投稿されたみなさんの話を纏めたものです。ワタシはというと、みなさんの話を感心して聞いて（読んで？）、結論をありがたく利用させていただいています。
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申請書支援ソフトを使って申請書を作成した場合、分筆の登記の申請（勿論、［表示物件追加］というボタンを押して物件欄を追加して、分筆後の物件の表示を入力した場合です。）では、必ず分筆して生まれる不動産について法務局側でエラーが出るので、法務局サイドで手作業で修正しているようです。
また、表題登記でも、登記の目的を「建物表題登記」や「土地表題登記」とせずに、「建物表題」や「土地表題」と入力して申請すると、エラーが出るようです。
パソコンに詳しい方の話によると、申請書として作成されるＸＭＬファイルの中に、申請物件が「既存」物件か「新設」物件かを区別するパラメータが埋め込まれているそうで、この埋め込みが正確になされた場合だけ、法務局側でエラーが出ないようです。
そのパラメータが表題に書いた「既存」と「新設」という文字です。
察しのいい方はおわかりかもしれませんが（ワタシはよくわかりませんでした。）、表題登記で、登記の目的を「建物表題登記」や「土地表題登記」と入力した場合はパラメータが「新設」となって、法務局側でエラーが出ませんが、「建物表題」や「土地表題」というふうに「登記」という表示を省略した場合はパラメータが「既存」となり、エラーが出ます。
ですから、表題登記では必ず、登記の目的を「建物表題登記」や「土地表題登記」と入力しなければなりません。
ところで分筆登記の場合ですが、登記の目的を「分筆」としようが、「分筆登記」としようが、申請すると必ずエラーが出るようです。これは、申請書作成支援ソフトを使って申請書を作ると、分筆後にできる新たな土地について、必ずパラメータが「既設」となることが原因のようです。どうも申請書作成支援ソフトのバグ（プログラムミス）ではないかと考えられます。
分筆登記の場合はプログラムの改良を待つほか無いでしょう。